日本列島だけに生息していたハイイロオオカミの絶滅した亜種、ニホンオオカミ。これもすでに絶滅しているが、従来考えられていたよりはるかに複雑な進化史を持っていたことが、国立科学博物館(文化庁)などの研究の結果によって新たに明らかになった。地質時代の区分で更新世とよばれる約258万年前~約1万2千年前までの間、日本列島にはこれまで知られていない古い系統の大型オオカミが生息していたことが分かっており、ニホンオオカミの祖先は、この古い系統のオオカミと最終氷期の後期に日本列島に入ってきた新しい系統の交雑により成立したことが明らかになったという。研究成果は、米科学雑誌 Current Biology(カレント・バイオロジー)電子版に掲載された。
研究は山梨大学、国立科学博物館、東京農業大学、東京工業大学、国立遺伝学研究所、山形大学、国立歴史民俗博物館などのグループによるもの。日本列島に生息していたオオカミの化石を用いて、ゲノムDNAの解析と放射性炭素による年代測定を行った。ニホンオオカミは古くは約9,000年前の遺骸が見つかっており、20世紀初頭に絶滅。一方、2万年前より以前の更新世の日本には世界最大級の巨大なオオカミが生息していたことが化石記録から分かっているが、このオオカミの系統は一切不明だったという。
過去の動物や古人骨からDNAを分析する古代DNA研究は、動物や人類の系統や進化を知る上で有力な方法だが、日本は高温多湿で酸性土壌が多く、化石に残存しているDNAの保存状態が極めて悪い環境にあるのだそうだ。技術的な難しさから、更新世オオカミの古代DNA解析も全く行われていなかったという。